Le nom du Café "Les Deux Magots" a pour origine l'enseigne d'un magasin de nouveautés, qui occupait jadis le même emplacement. Ce magasin, fondé en 1812, se trouvait initialement 23, rue de Buci, à l'angle de la rue de Seine, et a été transféré en 1873, pour cause d'agrandissement, place Saint-Germain-des-Prés. De cette époque témoignent encore les deux statues qui ornent la salle de l'établissement. Il faut se rappeler que les magasins de nouveautés furent les précurseurs des grands magasins de la période d'avant-guerre, comme Le Bon Marché, le Louvre et le Printemps. Les plus importants magasins de nouveautés parisiens furent : La Ville de Paris, le Coin de Rue, le Petit Saint Thomas et les Deux Magots. C'est probablement à la suite de l'importation en Europe de la soie de chine que la direction du magasin des Deux Magots avait imaginé d'utiliser dans leur raison sociale les deux figures asiatiques. Vers 1885 le magasin de nouveautés laissa la place à un café liquoriste, à la même enseigne, fréquenté déjà par des artistes et des écrivains et où Verlaine, Rimbaud et Mallarmé avaient l'habitude de se rencontrer, comme l'atteste une illustration ancienne. En Janvier 1914 le Café des Deux Magots fut acheté par Monsieur Auguste Boulay, arrière grand-père du propriétaire actuel, qui confia à l'architecte Dubois d'Hauberville, grand Prix de Rome, le soin de le transformer et de l'aménager tel qu'il est aujourd'hui. Le Prix des Deux Magots, créé en 1933, marque la vocation littéraire de ce café et se distingue par son éclectisme, puisqu'il compte dans son palmarès des lauréats aussi différents que Raymond Queneau, Antoine Blondin, Simonin et Fernand Pouillon. Le Café des Deux Magots a toujours joué un rôle important dans la vie culturelle de Paris. Il a été fréquenté par de nombreux artistes illustres parmi lesquels : Elsa Triolet, André Gide, Jean Giraudoux, Picasso, Fernand Léger, Prévert, Hemingway, Sartre, Simone de Beauvoir et Françoise Mallet Jorris. Bien avant les existentialistes qui firent les belles nuits des caves du quartier, il accueillit les surréalistes sous l'égide d'André Breton. Aujourd'hui le monde des arts et de la littérature y côtoie celui de la mode et de la politique. Un Café-Restaurant à l'enseigne des Deux-Magots a été ouvert en Septembre 1989 à Tokyo, à l'intérieur du Bunkamura, dans le quartier de Shibuya (quartier jumelé avec Saint-Germain-des-Prés). Le Bunkamura est un centre culturel - qui peut être comparé au complexe Opéra Bastille - conçu et réalisé par le Groupe Tokyu dans le but de promouvoir les différentes formes de culture : musique, danse, théâtre, littérature, arts, cinéma, etc....
Il comporte un opéra de 2.150 places (Orchard Hall), le plus grand du Japon, pouvant également accueillir concerts et ballets, et un théâtre de 750 places (Théâtre Cocoon), destiné à la représentation de spectacles musicaux ou de pièces de théâtre. Ces installations sont complétées par un musée, deux salles de cinéma, un studio d'enregistrement, des salles de répétition et une galerie d'art, qui sont tous équipés des moyens techniques les plus modernes. La décoration du Bunkamura est l'oeuvre de l'architecte français J.P Wilmotte. Depuis Septembre 1990, une boutique, située dans le grand magasin Tokyu jouxtant le Bunkamura, propose des produits gastronomiques sous la marque des Deux Magots. Enfin un prix littéraire Bunkamura est décerné chaque année courant Septembre dans le café restaurant des Deux Magots à un écrivain japonais. Le lauréat 1991 a été Yamada Koichi pour son ouvrage : "François Truffaut, une certaine vie cinématographique".
